中野区最大の寺院であり、西武新宿線の駅名にもなるなど、都内でも有数の著名寺院である。駅前から山門にかけて、商店街や出店も広がり、地域住民からも薬師様として古来より親しまれている。なお、新井の名は当地で新たに井戸を掘ったことに由来するもので、足立区にある西新井大師と同じ真言宗豊山派の寺院。

また当寺の井戸水(白龍権現水)は、一般の人に開放されており、飲用水として多くの人がここの水を汲みに来る。

天正4年（1586年）に開基。本尊は、弘法大師によって手彫されたといわれる薬師如来と如意輪観音像。古来より、子育ておよび眼の治癒にご利益があるとされており、現在も参拝するものが後を絶たない。1624年には2代将軍徳川秀忠の第五子、和子が罹った眼の病気が当薬師如来に回復祈願したところ、たちまち回復したことから、特に眼病治癒のご利益に関して有名になった。その他子育てなどにもご利益があるとされている。

現在も、広大な敷地内に本堂、不動堂が安置されている他、境内の一部が公園にもなっている。

また、南北朝時代にこの地域に本拠地を構え、、南朝方（新田義貞）についた窪寺氏の葬地にもなっている。